Le village de Molesme (21330) est situé à la croisée de trois départements : la Côte-d’Or, où est implantée la commune, l’Yonne, à 12 km à l’ouest et l’Aube à 3 km au nord-est.
Le village s’est construit autour de l’abbaye bénédictine, à flanc de colline, et surplombe une partie de la vallée de la Laigne, entre l’ancien site gallo-romain de Vertillum et les premières vignes de Champagne.
